A estrutura orgânica de empresa é apresentada na figura seguinte, como uma unidade central de Gerência, Gestão Comercial e marketing e outras três unidades periféricas: Direcção de produção e sistemas de informação, Direcção de Gestão de Qualidade e Direcção Administrativa, Recursos Humanos e Financeira.

Para além dos recursos tangíveis adequados à sua missão, nomeadamente o capital físico e o capital financeiro, a Empresa assume como seu activo principal os recursos intangíveis, i.e, o capital intelectual, que representa:

Para a criação de bens e serviços, a empresa recorre frequentemente a actividades terciarizadas em empresas de competências complementares, por exemplo nos domínios da geologia e geotecnia e de estruturas e fundações.
Em função da escala e dimensão dos desafios, e com vista á agregação de valor, a empresa recorre, também, a parcerias em consórcio com empresas do sector, num processo cooperativo e de cultura de unidade e conjugação de interesses, para a satisfação completa de clientes.
Os principais activos da empresa são os seus profissionais, 90% dos quais com formação de 2º ciclo ou superior, dispondo 40% de formação de 3º ciclo (pós-graduação ou curso de doutoramento), nos domínios de engenharia civil, engenharia do ambiente, engenharia química, engenharia electrotécnica e arquitectura.
A Hidra tem dois sócios, José Saldanha Matos e Filipa Santos Ferreira, ambos professores universitários. Fazem também parte da equipa os seguintes profissionais e colaboradores: Alberto Gama, Ana Alexandre, Ana Guerreiro, Ana Santos, Catarina Lopes, Eduarda Matos, Inês Lopes, Pedro Morgado, Ricardo Campos, Rita Matos, Rita Vieira e Tiago Costa.